《源战役》众人信仰的中心是流传至今的神谕。神谕不知从何而来，内容也极为晦涩。经古文字专家解读，其中包含的基本信息是对两次大灾难的预言。
人类的历史中将有两次大灾难，第一次为魔龙降世，家园被毁。目前众人普遍认同这次灾难已经发生，魔龙（可能是外星生物在地球特定条件下变异而成）从时空撕裂的黑洞中产生，自身能够承受极为巨大的辐射能量，并以此为食，但它们所携带的高强度能量对人类而言是致命的。人类以极其惨痛的代价换来了短暂的胜利，消灭了魔龙。不幸的是，魔龙的血液在空气中凝结成漆黑的晶体，黑晶的扩张使得地球上大部分地区成为不适宜生存的无人区。第二次大灾难则更加残酷，所有生命都会被暴涨的黑晶吞没，地球将陷入无尽的死寂。

    伴着随时会被毁灭的恐惧，以陆地上仅存的几处安全聚集区为基点，人类开始着手建设悬浮于空中，与地面隔绝的巨大浮空城。感谢科技的进步，人类以近乎疯狂的速度扩建着浮空城，作为人类现存的最高统治机构所在地，浮空城外围被极为复杂的防护网笼罩，内部的信息处理则由一台超级智能计算机承担。除浮空城外，地球上仅存的部分宜居城市也被特殊的防护网笼罩着。
驻扎于浮空城的联合会是实际掌权机构，主要由五大家族的精英把持。联合会下属许多分支，如执行者委员会、紧急事务署、黑晶开发协会、特殊研究所等，一手包办了人类从生存资源分配到未来发展规划的方方面面。在浮空城的计划中，人类需要抓住两次大灾难之间喘息的机会，尽可能攫取地球上的生存物资，不断寻找人类可以生存的异时空，积极展开自救。事实上，有限的资源需要优先供给经过严格筛选、能够在严苛的环境下存活的佼佼者。以此为立足点，浮空城私下秘密进行着诸如人体黑晶融合试验、优秀者筛选计划等行为，一般民众根本无从察觉。

   与浮空城相对，规模不断扩大的兄弟会却有不同打算。兄弟会也觊觎黑晶中暗藏的力量，但他们的计划则更加疯狂。传闻兄弟会的秘密研究地设在黑晶密布的无人区中，目标是复活已经灭绝的魔龙，如果人类能够驱使复制的魔龙将黑晶吞噬殆尽，也不失为一招险棋。